Les travailleurs indépendants (artisans, commerçants, professions libérales ou TNSNA, travailleurs non salariés non agricoles) cotisent au régime social des indépendants, le RSI, qui leur assure la couverture maladie-maternité pour eux-mêmes et leurs ayants-droit. Ils représentent plus de 4 millions d'assurés. Comme pour les travailleurs salariés du privé et du public, le régime général n'est pas suffisant pour couvrir les dépenses de santé. Cotiser à une mutuelle ou une complémentaire de santé va palier les carences du RSI et renforcer leur protection sociale en matière de santé, mais aussi dans le domaine de la prévoyance et pour la retraite. La loi Madelin de 1994 encourage les TNS à souscrire une assurance complémentaire en rendant déductibles les cotisations versées au contrat du bénéfice imposable. Un avantage fiscal très intéressant, mais soumis à des règles strictes.

La loi permet au TNS de déduire de son revenu imposable les cotisations sur un contrat Madelin, qui peut être un contrat de retraite complémentaire, un contrat de prévoyance (décès, invalidité, arrêt de travail) ou un contrat de complémentaire santé. Contrairement aux salariés qui profitent souvent d'une complémentaire entreprise, les travailleurs indépendants sont mal protégés contre les aléas de la vie professionnelle (maladie, arrêt de travail, invalidité, maternité), et ne peuvent de surcroît bénéficier de l'assurance chômage (ASSEDIC) en cas de perte d'emploi. La loi Madelin leur permet de compenser en partie l'effort de cotisation grâce à l'économie d'impôt réalisée.

Les contrats Madelin qui sont au nombre de trois (retraite, prévoyance et santé, et perte d'emploi) sont dissociables les uns des autres et soumis différemment à un plafond fiscal qui est déterminé en fonction du revenu. Pour pouvoir déduire de son bénéfice imposable les cotisations au titre d'un contrat Madelin, le TNS doit être à jour avec ses cotisations obligatoires d'assurance maladie et vieillesse (RSI).

Pour un contrat de prévoyance et de santé Madelin, le plafond de déduction fiscale est à hauteur de 3,75% du revenu professionnel majoré de 7% du PASS, limité à 3% de 8 fois le PASS (PASS 2010 : 34 620€). Le conjoint collaborateur partage le plafond de déductibilité du conjoint exploitant, car il n'a pas de revenu professionnel. Les cotisations des contrat prévoyance et santé sont soumises aux charges sociales. Les prestations versées dans le cadre d'un contrat prévoyance (indemnités journalières) doivent être réintégrées dans le revenu professionnel de l'assuré s'il y a poursuite de l'activité professionnelle. En revanche les remboursements des frais médicaux sont exonérés d'impôt et de charges sociales (CSG et CRDS).

Certains contrats de complémentaire santé Madelin prévoient de rembourser des frais médicaux que l'assurance maladie ne prend pas en charge, tels les soins d'acupuncture, d'ostéopathie ou encore les implants dentaires et les médecines douces. Il existe une multitude de formules, l'important est comme pour tout assuré d'évaluer ses besoins et de vérifier le plafonnement de certains types de soins (dentaire, optique, dépassements d'honoraires).